Paratext puede conectarse con otros programas como FLEx y Logos. Las diferentes versiones de estos programas pueden tener problemas para conectarse con diferentes versiones de Paratext. A continuación, se detallan algunos aspectos que conocemos sobre la compatibilidad entre las diferentes versiones.
Programas
Trabajos de campo (FLEx)
| Versión Paratext | Problemas conocidos |
| Paratexto 8 | Compatible con FLEx 8 y versiones de 9.01 bits (de 9.07 a 32). Paratext 8 no puede mostrar las propiedades del proyecto una vez instalada una versión posterior de FLEx 9. |
| Paratexto 9.0 | Compatible con FLEx 8 y 9 en la versión de 32 y 64 bits. |
| Paratexto 9.1 | Compatible con FLEx 9.08 y versiones posteriores de 64 bits. No compatible con FLEx 8. |
Logotipos
Paratext 8 y 9.0 son compatibles con Logos 8. Algunas versiones beta anteriores de la 9.1 presentaron problemas, pero no la última versión. Aún no hemos probado Logos 9.
Transacelerador
Algunas versiones anteriores de 9.1 beta no funcionaban con Transcelerator, pero la versión de lanzamiento de 9.1 sí lo hace.